accemic26, ты забыл самое главное достоинство указать: rsync тащит только изменения в файлах. Тоесть если ты только одну букву в 1Мб-ом файле поменял - он только эту букву перетащит. Причем работает и на бинарниках

(man rsync для подробностей).
Еще один плюс, который мне нравится: можно его настроить как анонимный ftp сервер, причем если народ у тебя дергает дистрибутив линукса (например), то в случае если изменились только несколько файлов клиенты не забивают канал качая весь дистрибутив по новой (я так синхронизируюсь с нашим upstream ftp server).
На счет виндовс файлов - это что-то странное, если ls видит файлы то и rsync должен. Может проблема в датах создания файлов?