Что ты имеешь ввиду под програмно установить?
1. Если есть готовый скринсейвер и нужно сделать так чтоб он стал рабочим, то помоему эти настройки храняться в реестре.
Для этого берешь RegMonitor c
http://www.sysinternals.com, врубаешь его и меняешь у себя в системе, потом смотришь какие ключи отвественены за настройки скринсейвера.
Если сильно влом ищи в поисковиках.
Далее уже в своей программе прописываешь нужные ключи. И кидаешь файлы самого скринсевера куда нужно.
2. Если нужно просто составить прогу которая синсталит готовый скринсейвер, то юзай инсталяторы, их много и всяких разных. NullSoft от создателей WinAmp'a. И создай свой инсталл пакет.
В Tools'ах Visual Studio тоже какой то создатель инсталлеров валялся.